अखिल नेपाल फुटबल सङ्घ (एन्फा) की स्थापना विसं २०१० में हुई थी। बहुदलीय व्यवस्था पुनर्स्थापित होने के बाद एन्फा में लोकतांत्रिक तरीके से निर्वाचन प्रक्रिया के माध्यम से नेतृत्व चयन शुरू किया गया है। हालांकि, एन्फा का यह निर्वाचन प्रक्रिया सहज और विवादमुक्त नहीं दिखी है। नेपाल की सबसे चर्चित खेल संस्था और इससे जुड़े बजट में बार-बार नेतृत्व चुनाव के दौरान विवाद उत्पन्न होते रहे हैं।
विसं २०४४ में दशरथ रंगशाला में आए तूफान के कारण ७१ से अधिक लोगों की मौत हो गई, जिसके बाद खेलकूद पदाधिकारियों ने नैतिकता के आधार पर इस्तीफा दे दिया था। इस्तीफा देने वालों में तत्कालीन खेलकूद मंत्री केशरबहादुर विष्ट, राष्ट्रीय खेलकूद परिषद के सदस्यसचिव शरदचन्द्र शाह और एन्फा अध्यक्ष कमल थापा शामिल थे। थापा के इस्तीफा देने के बाद चन्द्रबहादुर गुरुङ को एन्फा अध्यक्ष जिम्मेदारी सौंपी गई। उनके पद छोड़ने के बाद ध्रुवबहादुर प्रधान कार्यवाहक अध्यक्ष बने। बाद में आदित्यध्वज जोशी एन्फा के नेतृत्व में आए, लेकिन उन्होंने भी इस्तीफा देने के बाद कार्यवाहक अध्यक्ष की जिम्मेदारी पुरुषोत्तम श्रेष्ठ को दी गई।
गणेश थापा की नियुक्ति विसं २०५१ साल चैत्र २२ गते हुई थी। हालांकि, फीफा ने थापा को नहीं बल्कि रुक्म शम्शेर के नेतृत्व को मान्यता दी। थापा की तदर्थ समिति ने २०५२ असोज में चुनाव करवाया, जिसे फीफा ने स्वीकार किया और नेपाली फुटबल में थापा के नेतृत्व का युग शुरू हुआ। लेकिन, थापा के नेतृत्व में विवादों की श्रृंखला शुरू हो गई। २०६२/६३ में पुनः चुनाव के समय ‘बी’ डिवीजन के क्लबों ने १८-बिंदु मांगों के साथ आंदोलन शुरू किया। थापा द्वारा खिलाड़ियों के पारिश्रमिक बढ़ाने के कारण क्लबों को कठिनाई का सामना करना पड़ा।
असार ४, २०८३ तक उनकी कार्यकाल रहने के बावजूद एन्फा समिति ने २०८२ माघ २८ गते पहले से चुनाव कराने का निर्णय लिया। इस फैसले से विवाद भड़कने लगे। तहगत चुनाव न कर सीधे केंद्र के चुनाव करने को लेकर कई क्लबों और जिलों ने विरोध जताया। राखेप ने बिना स्वीकृति चुनाव न कराने के लिए एन्फा को पत्र भेजा और चुनाव स्थगित करने का निर्देश दिया। एन्फा ने जवाब दिया कि यह फीफा के निर्देशानुसार है और अपने विधान के अंतर्गत यह चुनाव कर रहा है, इसलिए चुनाव प्रक्रिया नहीं रोकी जाएगी। वर्तमान में एन्फा ने राखेप को निलंबित कर दिया है, लेकिन विवाद जारी है।
